关于劳动合同中约定‘工资包含加班费’是否有效，以及加班费是否可以按最低工资标准计算的问题，需要从法律原则和实务操作两个层面进行分析。

首先，根据《中华人民共和国劳动法》及《劳动合同法》的基本精神，劳动者享有获得合理劳动报酬的权利，加班费是劳动者在法定工作时间之外提供劳动的对价，属于劳动报酬的重要组成部分，不能通过合同约定予以免除或变相降低。因此，即使劳动合同中明确写有‘工资包含加班费’，该条款也不能免除用人单位依法支付加班费的法定义务。该条款的效力需结合具体情形判断，若该约定导致劳动者实际所得低于法定加班费标准，则该条款因违反法律强制性规定而无效。

其次，加班费的计算基数应当以劳动者正常工作时间的工资为基准，通常为劳动合同中约定的月工资总额，而非最低工资标准。最低工资标准仅是劳动者在法定工作时间内提供正常劳动时应获得的最低保障，不能作为加班费的计算基数。若用人单位将加班费基数设定为最低工资，明显低于劳动者实际工资水平，属于变相克扣加班费，违反了《工资支付暂行规定》中关于加班工资计算的相关规定。

再次，对于您所述每天工作12小时、周末上班的情况，已明显超出每日8小时、每周40小时的标准工时制。若公司未依法为员工申请不定时工作制或综合计算工时制的审批，则应按标准工时制处理，所有超时工作均应依法支付加班费。未经审批擅自实行不定时工作制，不具有法律效力，不能作为规避加班费支付义务的依据。

最后，关于劳动仲裁追讨加班费的问题，劳动者有权在劳动关系存续期间或解除后一年内，就加班费差额申请仲裁。仲裁机构通常会审查实际工作时间、工资发放记录、考勤记录等证据，依法核定应支付的加班费数额。若用人单位未能提供充分证据证明加班费已足额支付，仲裁机构一般会支持劳动者主张。综上所述，公司以‘合同含加班费’为由，将加班费按最低工资计算的做法，既不符合法律规定，也不具备法律效力。您有权依法主张补足差额。

建议您收集并保存好考勤记录、工资条、工作安排通知等证据，必要时向当地劳动人事争议仲裁委员会申请仲裁。不构成法律意见。